Tematyka publikacji Fundacji Prodoteo obejmuje dziedziny nauk humanistycznych oraz teologicznych, ze szczególnym uwzględnieniem problemów apologetyki, filozofii, nauk o religii i kulturze. Do bardziej szczegółowych zagadnień omawianych w publikowanych pracach zaliczają się metodologia apologetyki, filozofia nauki i przyrody oraz analiza relacji między nauką a religią, argumentacja na rzecz teizmu chrześcijańskiego z uwzględnieniem kontekstów współczesnych, reguły krytycznego myślenia i ich zastosowanie w sporze między teizmem i ateizmem. Publikacje do tłumaczenia wybierane są w oparciu o recenzje i opinie zagranicznych i krajowych specjalistów. W niedalekiej przyszłości planowane są wydania prac oryginalnych, wybieranych do druku w drodze selekcji zgodnie z procesem recenzyjnym.
Za promocję książek odpowiada dr Małgorzata Madej.
Konsultantem naukowym wydawnictwa jest dr hab. Piotr Bylica, prof UZ.
